Podmínky, které zajali vojáci Unie, vydržely v Konfederaci Vězení Andersonville byly hrozné. Během 18 měsíců, kdy byla věznice v provozu, zahynulo téměř 13 000 vojáků Unie podvýživa, nemoc a vystavení živlům v důsledku nelidského zacházení s velitelem Andersonville Henry Wirz. Opravdu by tedy nemělo být žádným překvapením, že jeho stíhání za válečné zločiny po kapitulaci na jihu je nejznámější soudní proces vyplývající z Občanská válka. Není však známo, že by Konfederací bylo téměř tisíc dalších vojenských stíhání. Mnoho z nich bylo kvůli špatnému zacházení se zajatými vojáky Unie.
Henry Wirz
Henry Wirz převzal velení vězení Andersonville 27. března 1864, asi měsíc poté, co tam dorazili první vězni. Jedním z prvních Wirzových činů bylo vytvoření oblasti zvané plot s pevnou čarou, jejímž cílem je zvýšit bezpečnost tím, že se vězňové nebudou držet od zdi palisády. Každý vězeň, který překročil „slepou linii“, byl vystaven střelbě ze strany vězeňské stráže. Během Wirzovy vlády jako velitel používal hrozby, aby vězně držel ve frontě. Když se zdálo, že hrozby nefungují, Wirz nařídil strážcům střílet vězně. v
Květen 1865Wirz byl zatčen v Andersonville a převezen do Washington DC. čekat na soud. Wirz byl pokusen o spiknutí, aby zranil nebo zabil zajaté vojáky tím, že jim neoprávněně odepřel přístup k jídlu, zdravotnickým potřebám a oblečení. Byl také obviněn z vraždy za osobní popravu několika vězňů.Asi 150 svědků svědčilo proti Wirzovi při jeho vojenském procesu, který trval od 23. srpna do 18. října 1865. Poté, co byl shledán vinným ze všech obvinění proti němu, byl Wirz odsouzen k smrti a pověšen 10. listopadu 1865.
James Duncan
James Duncan byl dalším důstojníkem vězení Andersonville, který byl také zatčen. Duncan, který byl přidělen do čtvrtletní kanceláře, byl odsouzen za zabití za úmyslné zadržení jídla vězňům. Byl odsouzen na 15 let tvrdé práce, ale unikl poté, co byl vykonán pouze jeden rok od výkonu trestu.
Champ Ferguson
Na začátku občanské války byl Champ Ferguson farmářem ve východní Tennessee. Populace této oblasti byla docela rovnoměrně rozdělena mezi podporu Unie a Konfederace. Ferguson organizoval partyzánskou společnost, která zaútočila a zabila sympatizanty Unie. Ferguson také působil jako skaut pro plukovníka Kentucky kavalérie Johna Hunta Morganaa Morgan povýšil Fergusona na hodnost kapitána partyzánských Strážců. Kongres společníků přijal opatření nazvané Partizánský strážní zákon, který umožňoval nábor nepravidelných osob do služby. Je třeba poznamenat, že kvůli nedostatku disciplíny mezi partyzánskými Strážci, generále Robert E. Závětří vyzval ke zrušení zákona Kongresem společníků v únoru 1864. Po soudu před vojenským soudem byl Ferguson usvědčen ze zabití více než 50 zajatých unijních vojáků. Byl popraven pověšením v říjnu 1865.
Robert Kennedy
Robert Kennedy byl důstojník Konfederace, kterého zajali síly Unie a byl uvězněn v Johnson's Island Military Prison. Vězení bylo umístěno v Sandusky Bay, což je na pobřeží Erie Lake jen pár kilometrů od Sandusky v Ohiu. Kennedy uprchl z Johnsonova ostrova v říjnu 1864 a vydal se do Kanady - což udržovalo neutralitu vůči oběma stranám. Kennedy se setkal s několika důstojníky Konfederace, kteří používali Kanadu jako odrazový můstek k vedení válečných činů proti Unii. Zúčastnil se spiknutí, aby zahájil palbu v mnoha hotelech, v muzeu a divadle v New Yorku, se záměrem přemoci místní úřady. Všechny požáry byly buď rychle vyhasnuty, nebo nezpůsobily žádnou škodu. Kennedy byl jediný, kdo byl zajat. Po soudu před vojenským tribunálem byl Kennedy popraven pověšením v březnu 1865.