Ve volbách roku 1800 nebyli žádní „oficiální“ kandidáti na viceprezidenta. Podle americké ústavy voliči učinili pro prezidenta dvě volby a ten, kdo obdržel nejvíce hlasů, se stal prezidentem. Osoba s druhým největším počtem hlasů se stala viceprezidentem. To by se změnilo s průchodem 12. dodatku.
Přestože nebyl žádný oficiální viceprezidentský kandidát, Thomas Jefferson běžel s Aaronem Burrem jako jeho běžícím kamarádem. Jejich „lístek“ obdržel nejvíce hlasů a voličům bylo dáno rozhodnutí, kdo bude prezidentem. John Adams byl spárován s Pinckneym nebo Jayem. Podle národního archivu však nebyl veden žádný oficiální záznam o počtu lidových hlasů.
Mezi Thomasem Jeffersonem a Aaronem Burrem došlo po 73 hlasů k volebnímu hlasování. Z tohoto důvodu se poslanecká sněmovna musela rozhodnout, kdo bude prezidentem a kdo bude viceprezidentem. Vzhledem k intenzivní kampani od Alexander Hamilton, Thomas Jefferson byl vybrán nad Aaronem Burrem po 35 hlasovacích lístcích. Hamiltonovy činy by byly jedním z faktorů, které vedly k jeho smrti v souboji s Burrem v roce 1804.