Na základě archeologických nálezů to bylo předpokládáno hominid aktivita v Japonsku se může datovat již 200 000 PŘED NAŠÍM LETOPOČTEM. když byly ostrovy spojeny s asijskou pevninou. Ačkoli někteří učenci pochybují o tomto časném termínu pro bydlení, většina souhlasí, že kolem 40 000 B.C. zaľadnění znovu spojilo ostrovy s pevninou.
Obyvatelstvo japonské země
Na základě archeologických důkazů také souhlasí s tím, že mezi 35 000 a 30 000 B.C. Homo sapiens migrovali na ostrovy z východní a jihovýchodní Asie a měli zavedené vzorce lovu a sběru a výroby kamenů. Na všech ostrovech Japonska byly nalezeny kamenné nástroje, sídla a lidské fosílie z tohoto období.
Jomonovo období
Stabilnější životní vzorce vedly ke zvýšení asi o 10 000 B.C. na Neolitický nebo, jak tvrdí někteří učenci, Mesolithic kultura. Pravděpodobně vzdálení předkové domorodých obyvatel Ainu v moderním Japonsku, členové heterogenní kultury Jomon (ca. 10 000-300 B.C.) zanechal nejčistší archeologický záznam. O 3000 B.C., Jomon lidé dělali hliněné postavy a nádoby zdobené vzory vytvořenými dojemem mokrá hlína se splétanou nebo nebroušenou šňůrou a tyčinkami (Jomon znamená „vzory pletené šňůry“) s rostoucí sofistikovanost. Tito lidé také používali štípané kamenné nástroje, pasti a mašle a byli lovci, sběrači a obratní pobřežní a hlubinní rybáři. Cvičili základní formu zemědělství a žili v jeskyních a později ve skupinách buď dočasných mělké jámy nebo nadzemní domy, které nechávají bohatou kuchyňskou zátěž pro moderní antropologickou studii.
V pozdním Jomonově období došlo podle archeologických studií k dramatickému posunu. Počáteční kultivace se vyvinula v sofistikované rýžové pole a vládní kontrolu. Z tohoto období může pocházet také mnoho dalších prvků japonské kultury a odrážejí prolínanou migraci ze severoasijského kontinentu a z oblastí jižního Pacifiku. Mezi tyto prvky patří šintoistická mytologie, manželské zvyky, architektonické styly a technologický vývoj, jako je lakování, textil, kovovýroba a sklářství.
Yayoiho období
Příští kulturní období, Yayoi (pojmenoval podle části Tokio kde archeologické vyšetřování odkryté jeho stopy) vzkvétal mezi asi 300 ° C. a A.D. 250 od jižního Kyushu k severu Honšú. Nejčasnější z těchto lidí, o kterých se předpokládá, že migrovali z Koreje do severního Kyushu a smíchali se s Jomonem, také používali štípané kamenné nástroje. Ačkoli keramika Yayoi byla technologicky vyspělejší, byla jednodušší výzdoba než Jomon ware.
Yayoi vyrobil bronzové slavnostní nefunkční zvony, zrcadla a zbraně a od prvního století A.D. železné zemědělské nástroje a zbraně. Jak populace rostla a společnost se stala komplexnější, pletli látku, žili ve stálých zemědělských vesnicích a stavěli budovy ze dřeva a kamene, nashromážděné bohatství prostřednictvím vlastnictví půdy a skladování obilí, a vyvinuly se zřetelné sociální sítě třídy. Jejich zavlažovaná kultura mokré rýže byla podobná kultuře střední a jižní Číny, což vyžadovalo těžké vstupy lidské práce, což vedlo k rozvoji a případnému růstu vysoce sedavé agrární společnosti.
Na rozdíl od Číny, která musela provádět rozsáhlé veřejné práce a projekty kontroly vody, což vedlo k vysoce centralizované vládě, mělo Japonsko hojnou vodu. V Japonsku byl tedy místní politický a sociální vývoj relativně důležitější než činnost ústřední autority a stratifikované společnosti.
Nejstarší písemné záznamy o Japonsku pocházejí z čínských zdrojů z tohoto období. Wa (japonská výslovnost časného čínského jména pro Japonsko) byla poprvé zmíněna v A.D. 57. Časní čínští historici popsali Wa jako zemi stovek rozptýlených kmenových komunit, ne sjednocená země se 700letou tradicí, jak je stanovena v Nihongi, což staví základ Japonska 660 B.C.
Čínské zdroje ze třetího století uváděly, že obyvatelé Wa žili na syrové zelenině, rýži a rybách podávaných na bambusových a dřevěných podnosech, měli vazal-master vztahy, vybírali daně, měli provinční sýpky a trhy, tleskaly rukama v uctívání (něco, co se stále děje v šintoistických svatyních), měly násilné nástupnické boje, stavěly zemské hroby a pozorovaly smutek. Himiko, vládkyně rané politické federace známé jako Yamatai, vzkvétala během třetího století. Zatímco Himiko vládla jako duchovní vůdce, její mladší bratr vykonával státní záležitosti, mezi něž patřily diplomatické vztahy se soudem čínské dynastie Wei (A.D. 220 až 65).