V naší moderní společnosti je tak mnoho vědeckých faktů, které vědci i široká veřejnost považují za samozřejmost. Mnoho z těchto disciplín, o nichž si nyní myslíme, že jsou zdravým rozumem, však ještě muselo být projednáno v roce 1800, kdy Charles Darwin a Alfred Russel Wallace nejprve dali dohromady teorii evoluce přírodní výběr. I když existoval dost důkazů, o kterých Darwin věděl, když formuloval svou teorii, bylo mnoho věcí, o kterých víme, že Darwin nevěděl.
Genetika, nebo studie o tom, jak jsou vlastnosti předávány rodičům a potomkům, nebyla ještě podrobnější, když Darwin napsal knihu O původu druhů. Většina vědců té doby souhlasila s tím, že potomci skutečně získali své fyzické vlastnosti od svých rodičů, ale jak a v jakých poměrech byla nejasná. To byl jeden z hlavních argumentů odpůrců Darwina v té době proti jeho teorii. Darwin nemohl vysvětlit, ke spokojenosti raného anti-evolučního davu, jak se toto dědictví stalo.
Až koncem osmnáctého a začátkem dvacátého století to bylo Gregor Mendel
dělal svou hru měnící hru se svými hrachovými rostlinami a stal se známým jako „otec genetiky“. I když jeho práce byla velmi zdravá, měl matematické podpory a bylo správné, že každému trvalo nějakou dobu, než uznal význam Mendelova objevu pole genetika.Protože oblast genetiky existovala až do 20. let 20. století, vědci v Darwinově době nehledali molekulu, která přenáší genetické informace z generace na generaci. Jakmile se disciplína genetiky stala rozšířenou, mnoho lidí závodilo, aby objevilo, která molekula tuto informaci nesla. Nakonec se ukázalo, že DNA, relativně jednoduchá molekula se čtyřmi různými stavebními bloky, je skutečně nositelem všech genetických informací pro celý život na Zemi.
Darwin nevěděl, že DNA bude stát se důležitou součástí jeho teorie evoluce. Ve skutečnosti se nazývala podkategorie evoluce mikroevoluce je zcela založen na DNA a mechanismu toho, jak jsou genetické informace předávány z rodičů na potomky. Objev DNA, její tvar a její stavební bloky umožnily sledovat tyto změny, které se časem hromadí, aby účinně poháněly evoluci.
Další kousek skládačky, který propůjčuje důkazy Moderní syntéza evoluční teorie je odvětví vývojové biologie zvané Evo-Devo. Darwin nevěděl o podobnostech mezi skupinami různých organismů s tím, jak se vyvíjejí od oplodnění přes dospělost. Tento objev nebyl patrný až dlouho poté, co bylo k dispozici mnoho pokroků v technologii, jako jsou mikroskopy s vysokým výkonem, a byly zdokonaleny testy in vitro a laboratorní postupy.
Vědci dnes mohou zkoumat a analyzovat, jak se mění jednobunkový zygota na základě podnětů z DNA a životního prostředí. Jsou schopni sledovat podobnosti a rozdíly různých druhů a sledovat je zpět ke genetickému kódu v každém z nich vajíčka a spermie. Mnoho milníků vývoje je mezi velmi odlišnými druhy stejné a poukazují na myšlenku, že existuje společný předek pro živé věci někde na stromě života.
Přestože Charles Darwin měl přístup k docela katalogu fosílie které byly objeveny až v 18. století, od jeho smrti bylo objeveno tolik dalších fosilních objevů, které slouží jako důležitý důkaz podporující teorii evoluce. Mnoho z těchto „novějších“ fosilií je lidské předky které pomáhají podpořit Darwinovu myšlenku „sestupu prostřednictvím modifikace“ lidí. Zatímco většina jeho důkazů byla okolnostmi, když poprvé předpokládal myšlenku, že lidé jsou primáti a byly spřízněny s lidoopy, bylo zjištěno, že mnoho fosilií vyplňuje mezery lidské evoluce.
I když myšlenka lidské evoluce je stále velmi kontroverzní téma, stále se objevuje stále více důkazů, které pomáhají posilovat a revidovat Darwinovy původní nápady. Tato část evoluce však s největší pravděpodobností zůstane kontroverzní, dokud nebude buď vše přechodné fosilie lidské evoluce byly nalezeny nebo náboženství a náboženská přesvědčení lidí přestávají existovat. Protože je nepravděpodobné, že se tak stane, bude i nadále existovat nejistota ohledně vývoje člověka.
Dalším důkazem, který nyní musíme podporovat teorii evoluce, je to, jak se bakterie rychle přizpůsobí, aby se staly rezistentními vůči antibiotikům nebo jiným lékům. Přestože lékaři a zdravotníci v mnoha kulturách používali plísně jako inhibitor bakterií, první rozšířený objev a použití antibiotik, jako je penicilin, k nim nedošlo až poté, co Darwin zemřel. Ve skutečnosti se předepisování antibiotik pro bakteriální infekce stalo normou až v polovině 50. let 20. století.
Teprve roky poté, co se rozšířilo používání antibiotik, začalo vědci pochopit, že neustálé vystavení antibiotikům může vést bakterie se vyvíjejí a stávají se odolnými vůči inhibici způsobené antibiotiky. Toto je ve skutečnosti velmi jasný příklad přirozeného výběru v akci. Antibiotika ničí bakterie, které na to nejsou rezistentní, ale bakterie rezistentní na antibiotika přežívají a prosperují. Nakonec budou fungovat pouze bakteriální kmeny, které jsou rezistentní na antibiotikum, nebo "přežití nejschopnějších"došlo k bakteriím."
Je pravda, že Charles Darwin měl omezené množství důkazů, které by mohly spadat do kategorie fylogenetiky, ale od prvního návrhu Teorie evoluce se hodně změnilo. Carolus Linnaeus měl zaveden systém pojmenování a kategorizace, když Darwin studoval jeho data, což mu pomohlo formulovat jeho myšlenky.
Od jeho objevů se však fylogenetický systém drasticky změnil. Nejprve byly druhy umístěny na fylogenetický strom života na základě podobných fyzikálních charakteristik. Mnoho z těchto klasifikací bylo změněno z objevu biochemických testů a sekvenování DNA. Přeskupení druhů ovlivnilo a posílilo teorii evoluce identifikací dříve zmeškané vztahy mezi druhy a když se tyto druhy odbočily od svých společných předky.