V některých oblastech, jako je jižní Indie, se hinduistická království udržovala a dokonce tlačila proti muslimskému přílivu. Subkontinent také čelil invazi slavných středoasijských dobyvatelů Čingischán, který nebyl muslim, a Timur nebo Tamerlane, kdo byl.
Toto období bylo předchůdcem Mughalovy éry (1526–1857). Mughalská říše založil Babur, muslimský princ původem z Uzbekistánu. Zvláště za pozdější Mughals Akbar velkýmuslimští císaři a jejich hinduističtí poddaní dosáhli bezprecedentního porozumění a vytvořili krásný a vzkvétající multikulturní, mnohonárodnostní a nábožensky rozmanitý stát.
V roce 1206 bývalý Mamluku otrok jménem Qutbubuddin Aibak dobyl severní Indii a založil království. Nazval se sultánem z Dillí. Aibak byl středoasijským turkickým řečníkem, stejně jako zakladatelé tří dalších čtyř sultanátů Dillí. Celkem pět dynastií muslimských sultánů ovládlo většinu severní Indie až do roku 1526, kdy Babur zametl z Afghánistánu a našel dynastii Mughal.
V roce 1221 uprchl sultán Jalal ad-Din Mingburnu ze svého hlavního města v Samarkandu v Uzbekistánu. Jeho Khwarezmidská říše padla k postupujícím armádám Čingischána a jeho otec byl zabit, takže nový sultán uprchl na jih a východ do Indie. Na řece Indus v dnešním Pákistánu Mongolové chytili Mingburnu a jeho 50 000 zbývajících vojáků. Mongolská armáda byla silná pouze 30 000, ale přisunula Peršany k břehu řeky a zdecimovala je. Mohlo by být snadné líto sultána, ale rozhodnutí jeho otce zavraždit mongolské vyslance bylo okamžitou jiskrou, která
vyrazil mongolské dobytí ze střední Asie a dále na prvním místě.Dynastie Chola jižní Indie měla jeden z nejdelších běhů jakékoli dynastie v lidské historii. Společnost byla založena v roce 300 BCE a trvala do roku 1250 nl. Neexistuje žádný záznam o jediné rozhodné bitvě; spíš sousední Pandyanská říše jednoduše rostla v síle a vlivu do té míry, že zastínila a postupně zhasla starodávnou Cholovu politu. Tato hindská království byla dostatečně daleko na jih, aby unikla vlivu muslimských dobyvatelů sestupujících ze střední Asie.
V 1290, Mamluk dynastie v Dillí padla, a Khilji dynastie povstala na jeho místě se stát druhou z pěti rodin vládnout Dillí Sultanate. Khiljská dynastie by zůstala na moci až do roku 1320.
Během jejich krátké, třicetileté vlády dynastie Khilji úspěšně odrazila řadu invazí z mongolské říše. Poslední rozhodující bitvou, která ukončila mongolské pokusy o převzetí Indie, byla bitva o Jalandhar v roce 2005 1298, ve kterém Khiljiho armáda zabila asi 20 000 Mongolů a vyhnula přeživší z Indie dobrý.
V roce 1320 se nová rodina smíšené turkické a indické krve zmocnila kontroly nad Dillí Sultanátem a začala období dynastie Tughlaq. Dynastie Tughlaq, založená Ghazim Malikem, se rozrostla na jih přes plošinu Deccan a poprvé dobyla většinu jižní Indie. Tyto územní zisky však netrvaly dlouho. V roce 1335 se sultanát Dillí zmenšil zpět do své obvyklé oblasti v severní Indii.
Zajímavé je, že slavný marocký cestovatel Ibn Battuta sloužil jako qadi nebo islámský soudce u soudu Ghazi Malika, který převzal trůnní jméno Ghyasuddina Tughlaka. Na nového vládce Indie nebyl nijak příznivě ohromen a odsuzoval různá mučení, která byla proti němu použita lidé, kteří nezaplatili daně, včetně toho, že mají oči roztrhané nebo roztavené olovo nalévat hrdla. Ibn Battuta byl zvláště zděšen tím, že tyto hrůzy byly spáchány jak proti muslimům, tak i nevěřícím.
Jak Tughlaqova moc rychle klesala v jižní Indii, nová hindská říše spěchala, aby naplnila vakuum moci. Vijayanagarská říše bude vládnout více než tři sta let od Karnataka. Do jižní Indie přinesla bezprecedentní jednotu, založenou hlavně na hindské solidaritě tváří v tvář vnímané muslimské hrozbě na sever.
Přestože Vijayanagara dokázala sjednotit velkou část jižní Indie, brzy ztratila úrodnou plošinu Deccan, která se táhne přes pas na subkontinentu k novému muslimskému sultanátu. Bahmanský sultanát byl založen turkickým rebelem proti Tughlakům nazývaným Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah. Odvrátil Deccan od Vijayanagary a jeho sultanát zůstal silný po více než století. V 80. letech 20. století však sultanát Bahmani prudce poklesl. Do roku 1512 se oddělilo pět menších sultanátů. O patnáct let později byl centrální Bahmanský stát pryč. V nesčetných bitvách a potyčkách se malým nástupnickým státům podařilo odvrátit úplnou porážku Vijayanagarské říše. V roce 1686 však byl nemilosrdný císař Aurengzeb Mughalů dobyli poslední zbytky bahmanského sultanátu.
Madurai Sultanate, také známý jako Ma'bar Sultanate, byl další turkicsky ovládanou oblastí, která se vymanila z delhi Sultanate. Umístěný daleko na jih v Tamil Nadu, Madurai Sultanate trval jen 48 roků předtím, než to bylo podmanil si Vijayanagara království.
Čtrnácté století západního kalendáře skončilo krví a chaosem pro dynastii Tughlaq v Dillí Sultanate. Krev žíznivý dobyvatel Timur, známý také jako Tamerlane, napadl severní Indii a začal dobývat města Tughlaqů jeden po druhém. Občané v postižených městech byli zmasakrováni a jejich oddělené hlavy se nashromáždili do pyramid. V prosinci 1398 Timur vzal Dillí, vyplenil město a zabil jeho obyvatele. Tughlaqové se drželi k moci až do roku 1414, ale jejich hlavní město se zotavilo z teroru Timuru déle než století.