První kontakt mezi oběma zeměmi byl prostřednictvím obchodníků a průzkumníků. Později v polovině 18. století několik zástupců z USA odcestovalo do Japonska za účelem sjednání obchodních dohod, včetně Commodore Matthew Perryho v roce 1852, který sjednal první obchodní smlouva a Úmluva z Kanagawy. Podobně japonská delegace přišla do USA v roce 1860 v naději na posílení diplomatických a obchodních vztahů mezi oběma zeměmi.
druhá světová válka viděl země se postavily proti sobě poté, co Japonci v roce 1941 bombardovali americkou námořní základnu v Pearl Harbor na Havaji. Válka skončila v roce 1945 poté, co Japonsko utrpělo obrovské příčiny atomové bombardování Hirošimy a Nagasaki a bombardování Tokio.
14. srpna 1945 se Japonsko vzdalo, což vedlo k okupaci vítěznými spojeneckými silami. Po získání kontroly nad Japonskem, prezident USA Harry Truman jmenován generálem Douglas MacArthur jako nejvyšší velitel spojeneckých sil v Japonsku. Spojenecké síly pracovaly na rekonstrukci Japonska a na upevnění politické legitimity veřejným postavením na straně císaře Hirohita. To bylo dovoleno
MacArthur pracovat v politickém systému. Do konce roku 1945 pracovalo v Japonsku přibližně 350 000 amerických vojáků na celé řadě projektů.Pod spojeneckou kontrolou Japonsko provedlo pozoruhodnou transformaci charakterizovanou nová ústava Japonska který zdůraznil demokratické zásady, vzdělávací a hospodářskou reformu a demilitarizaci, která byla zakotvena v nové japonské ústavě. Po uskutečnění reforem MacArthur postupně přesunul politickou kontrolu nad Japoncem, který vyvrcholil San Franciscoskou smlouvou z roku 1952, která oficiálně ukončila okupaci. Tento rámec byl začátkem úzkého vztahu mezi oběma zeměmi, který trvá dodnes.
Období po smlouvě v San Franciscu bylo charakterizováno úzkou spoluprací obou stran v Japonsku zbývá 47 000 amerických vojenských vojáků na pozvání Japonců vláda. Hospodářská spolupráce také hraje velkou roli ve vztahu s USA, které Japonsku poskytovaly značné množství pomoci v poválečných obdobích, protože Japonsko se stalo spojencem Studená válka. Výsledkem partnerství je opětovné oživení japonské ekonomiky, která zůstává jednou z nejsilnějších ekonomik v regionu.