K tomu nejčastěji dochází v důsledku geografické izolace nebo reprodukční izolace jedinců v populaci. Jak se druh vyvíjí a odbočuje, nemůže se již křížit se členy původního druhu.
Na základě reprodukční nebo geografické izolace, mimo jiné z důvodů a faktorů prostředí, mohou nastat čtyři typy přirozené speciace.
Předpona přidělit- znamená „jiné“. Přípona -patric, znamená „místo“. Alopatric je tedy typ speciace způsobený geografickou izolací. Jednotlivci, kteří jsou izolovaní, jsou doslova na „jiném místě“.
Nejběžnějším mechanismem geografické izolace je skutečná fyzická bariéra, která se dostane mezi členy populace. Může to být něco tak malého jako padlý strom pro malé organismy nebo velké, jako by bylo rozděleno oceány.
Alopatická speciace nemusí nutně znamenat, že dvě odlišné populace nemohou zpočátku interagovat nebo dokonce rozmnožovat. Pokud lze překonat bariéru způsobující geografickou izolaci, mohou někteří členové různých populací cestovat tam a zpět. Většina populací však zůstane izolovaná od sebe a v důsledku toho se budou lišit k různým druhům.
Předpona peri- znamená "blízko". Po přidání do přípony -patric, překládá se na „blízko místa“. Peripatická speciace je vlastně speciální typ alopatrické speciace. Stále existuje určitý druh geografické izolace, ale existuje také určitý druh případů, které způsobují, že v izolované populaci přežije jen velmi málo jedinců ve srovnání s alopatrickou speciaci.
V peripatrické speciaci to může být extrémní případ geografické izolace, kde je izolováno jen několik jedinců, nebo to mohl následovat nejen geografickou izolaci, ale také nějakou katastrofu, která zabije všechny, ale několik izolovaných populace. S tak malým fondem genů se vzácné geny předávají častěji, což způsobuje genetický drift. Izolovaní jedinci se rychle stávají nekompatibilními se svými dřívějšími druhy a stávají se novým druhem.
Přípona -patric stále znamená „místo“ a kdy předpona para-, nebo "vedle", je připojeno, znamená to, že tentokrát nejsou populace izolovány fyzickou bariérou a místo toho jsou "vedle" navzájem.
I když není nic, co by jednotlivcům v celé populaci bránilo v míchání a páření, v parapatrické speciaci se to stále nestane. Z nějakého důvodu se jedinci v rámci populace stýkají pouze s osobami v jejich bezprostředním okolí.
Některé faktory, které by mohly ovlivnit parapatrickou speciaci, zahrnují znečištění nebo neschopnost šířit semena rostlin. Aby však byla klasifikována jako parapatrická speciace, musí být populace spojitá bez fyzických bariér. Pokud existují nějaké fyzické bariéry, musí být klasifikovány jako peripatrická nebo alopatrická izolace.
Konečný typ se nazývá sympatická speciace. Předpona sym-, což znamená přípona -patric, což znamená „místo“ poskytuje vodítko pro význam tohoto typu speciace: Jednotlivci v populaci jsou vůbec neoddělené a všichni žijí na „stejném místě“. Jak se tedy populace liší, pokud žijí stejně prostor?
Nejčastější příčinou sympatických speciace je reprodukční izolace. Reprodukční izolace může být způsobena tím, že jednotlivci přicházejí do období páření v různých časech nebo preferují, kde najdou partnera. U mnoha druhů může být výběr kamarádů založen na jejich výchově. Mnoho druhů se vrací k místu, kde se narodili, aby se spářili. Mohli by se tedy spojit pouze s ostatními, kteří se narodili na stejném místě, bez ohledu na to, kde se pohybují a žijí jako dospělí.
Dalšími důvody mohou být to, že různé populace se stávají závislými na různých potřebách v životním prostředí, jako jsou zdroje potravy nebo přístřeší.