Vakuum je a buněčné organely nachází se v řadě různých typů buněk. Vakuoly jsou tekutinou naplněné uzavřené struktury, které jsou oddělené od cytoplazma pomocí jediné membrány. Nacházejí se většinou v rostlinné buňky a houby. Nicméně, některé protisté, živočišné buňky, a bakterie také obsahují vakuoly. Vakuoly jsou zodpovědné za celou řadu důležitých funkcí v buňce, včetně skladování živin, detoxikace a exportu odpadu.
Vakuum rostlinných buněk je obklopeno jedinou membránou zvanou tonoplast. Když se vezikuly uvolní, vytvoří se vakuoly endoplazmatické retikulum a golgiho komplex, spojit se dohromady. Nově se vyvíjející rostlinné buňky obvykle obsahují řadu menších vakuol. Jak buňka zraje, vzniká velká centrální vakuola fúzí menších vakuol. Centrální vakuola může zabírat až 90% objemu buňky.
Rostlinné vakuoly fungují podobně v rostlinách jako lysozomy v živočišných buňkách. Lysozomy jsou membránové vaky enzymů, které tráví buněčné makromolekuly. Podílejí se na ní i vakuoly a lysozomy programovaná buněčná smrt
. K programované buněčné smrti v rostlinách dochází procesem zvaným autolýza (auto-lýza). Autolýza rostlin je přirozeně se vyskytující proces, při kterém je rostlinná buňka ničena svými vlastními enzymy. V uspořádané sérii událostí se vakuolová tonoplastová trhlina uvolní její obsah do buněčné cytoplazmy. Trávicí enzymy z vakuoly pak degradují celou buňku.