TBE a TAE jsou používány jako pufry v molekulární biologii, především pro elektroforéza nukleových kyselin. Pufry Tris se používají za mírně zásaditých podmínek pH, jako pro elektroforézu DNA, protože to udržuje DNA rozpustný v roztoku a deprotonizovaný, takže bude přitahován k pozitivní elektrodě a bude migrovat přes a gel. EDTA je složkou v roztoku, protože je to běžné chelatační činidlo chrání nukleové kyseliny před degradací enzymy. EDTA chelatuje dvojmocné kationty, které jsou kofaktory nukleáz, které mohou kontaminovat vzorek. Protože však kationt hořčíku je kofaktorem pro DNA polymerázu a restrikční enzymy, je koncentrace EDTA udržována záměrně nízká (přibližně 1 mM koncentrace).
Nemusíte sterilizovat roztok. Přestože může dojít ke srážení po určité době, je zásobní roztok stále použitelný. PH můžete upravit pomocí pH metru a po kapkách přidáním koncentrovaného kyselina chlorovodíková (HCl). Je dobré uchovávat pufr TBE při pokojové teplotě, i když možná budete chtít filtrovat zásobní roztok přes 0,22 mikronový filtr, abyste odstranili částice, které by podporovaly srážení.
Při náhodném použití zásobního roztoku 5X nebo 10X získáte špatné výsledky, protože bude generováno tolik tepla. Kromě špatného rozlišení může být vzorek poškozen.
Ačkoli TBE a TAE jsou běžné pufry pro elektroforézu, existují jiné možnosti pro vodivé roztoky s nízkou molárností, včetně pufru boritanu lithného a pufru boritanu sodného. Problém s TBE a TAE spočívá v tom, že vyrovnávací paměti založené na Tris omezují elektrické pole, které lze použít v elektroforéze, protože příliš mnoho náboje způsobuje odtokovou teplotu.