Mnoho sloučenin se čistí krystalizací z vodného roztoku. Krystal vylučuje mnoho kontaminantů, ale voda se může vejít do krystalické mříže, aniž by byla chemicky vázána na kation sloučeniny. Použití tepla může tuto vodu odvést, ale proces obvykle poškozuje krystalickou strukturu. To je v pořádku, pokud je cílem získat čistou sloučeninu. Při pěstování krystalů pro krystalografii nebo pro jiné účely může být nežádoucí.
Někdy jsou tyto dvě formy kombinovány. Například [Cu (H2Ó)4]TAK4· H2O lze použít k popisu vody krystalizace síranu měďnatého.
Voda je malá polární molekula, která je snadno začleněna do krystalové mřížky, ale není to jediné rozpouštědlo, které se nachází v krystalech. Ve skutečnosti většina rozpouštědel zůstává ve větší či menší míře v krystalu. Běžným příkladem je benzen. Aby se minimalizoval účinek rozpouštědla, chemici se obvykle snaží odstranit co nejvíce pomocí vakuové extrakce a mohou zahřát vzorek, aby vytlačili zbytkové rozpouštědlo. Rentgenová krystalografie může často detekovat rozpouštědlo v krystalu.