Z mnoha možností je těchto pět skvrn nejběžnější, počínaje ethidiumbromidem, který je nejrozšířenější. Při práci s tímto procesem je důležité znát nejen rozdíly mezi skvrnami, ale také související zdravotní rizika.
Ethidiumbromid je pravděpodobně nejznámější barvivo používané pro vizualizaci DNA. Může být použit v gelové směsi, elektroforetickém pufru nebo k barvení gelu po jeho spuštění.
Molekuly barviva ulpívají na vláknech DNA a fluoreskují pod UV světlem a ukazují, kde přesně jsou pruhy v gelu. Navzdory své výhodě je nevýhodou, že ethidiumbromid je potenciálním karcinogenem, takže s ním musí být zacházeno s velkou opatrností.
SYBR Gold barvivo lze použít k barvení dvouvláknové nebo jednovláknové DNA nebo k barvení RNA. SYBR Gold zasáhlo trh jako jedna z prvních alternativ k ethidiumbromidu a je považováno za citlivější.
Protože fluorescence nenavázané molekuly je tak nízká, není nutné odbarvování. Držitelé licence Molecular Probes také (od zavedení SYBR Gold) vyvinuli a uvedli na trh SYBR Safe a SYBR Green, které jsou bezpečnější alternativou k ethidium bromidu.
Skvrny SYBR Green I a II (opět prodávané Molecular Probes) jsou optimalizovány pro různé účely. Protože se váží na DNA, stále se považují za potenciální mutageny, a proto by s nimi mělo být zacházeno opatrně.
SYBR Green I je více citlivý pro použití s dvouřetězcovou DNA, zatímco na druhé straně SYBR Green II je nejlepší pro použití s jednovláknovou DNA nebo RNA. Stejně jako populární barvení ethidiumbromidem, tyto vysoce citlivé skvrny fluoreskují pod UV světlem.
Výrobce SYBR Green I a II doporučuje výrobce k použití s ela-osvětlením Polaroid 667 černé a 254 nm bílý film a barevný fotografický filtr SYBR Green gel "pro dosažení detekce 100 pg RNA nebo jednořetězcové DNA na kapela.
SYBR Safe byl navržen tak, aby byl bezpečnější alternativou k ethidiumbromidu a dalším skvrnám SYBR. Nepovažuje se za nebezpečný odpad a může být obecně zneškodňován běžnými kanalizačními systémy (tj. Dolů odtokem), protože testování toxicity ukazuje, že neexistuje žádná akutní toxicita.
Testování také označuje na embryích syrského křečka Embryo (SHE), lidských lymfocytech, myších lymfomových buňkách nebo v testu AMES je zaznamenána jen malá nebo žádná genotoxicita. Skvrnu lze použít s transiluminátorem s modrým světlem, které způsobuje menší poškození vizualizované DNA a nabízí lepší účinnost pro pozdější klonování.
Je to také dobrá volba, pokud pro izolaci DNA používáte gely s nízkou teplotou tání. Je velmi stabilní při vysokých teplotách a má velmi nízkou fluorescenci samotnou, ale je vysoce fluorescenční, když se váže na DNA. Ukázalo se také, že Eva Green má velmi nízkou nebo žádnou cytotoxicitu nebo mutagenita.